Het is mogelijk om je btw-aangifte vanuit Moneybird te betalen via een QR-code. Dit lukt alleen via bepaalde banken niet. Voor de QR code maakt Moneybird gebruik van de Europese standaard die hiervoor beschikbaar is: de EPC QR code. Een EPC QR code bevat de gegevens voor een normale bankoverboeking. Rabobank, ABN AMRO, Triodos en Regiobank bieden geen ondersteuning voor de EPC standaard, maar alleen voor andere standaard(en), zoals een iDEAL QR code. Hierdoor kan de EPC QR code bij deze banken niet gescand worden. In dat geval kun je de btw-aangifte op een andere manier betalen. Het betalen van de btw-aangifte vanuit Moneybird gaat hetzelfde als facturen betalen.